除了空间索引外，InnoDB索引都是B-树数据结构。空间索引使用R-树，这是专门为多维数据的索引设计的数据结构。索引记录存储在其B-树或R-树数据结构的叶子页中。默认索引页大小是16KB。页面大小由innodb_page_size设置确定，当MySQL实例初始化时。请参阅第17.8.1节，“InnoDB启动配置”。

当将记录插入到InnoDB的聚集索引时，InnoDB尝试留下1/16页的空间，以便于将来的插入和更新索引记录。如果索引记录顺序插入（升序或降序），则生成的索引页约为15/16满。如果记录插入随机顺序，则页面从1/2到15/16之间。

InnoDB 在创建或重建 B 树索引时执行 bulk 加载操作，这种索引创建方法称为排序索引构建。变量innodb_fill_factor定义了在排序索引构建中每个 B 树页面填充的百分比，剩余空间保留用于未来的索引增长。排序索引构建不支持空间索引。更多信息，请见第17.6.2.3节，“Sorted Index Builds”。设置innodb_fill_factor为100将留下聚簇索引页面的1/16空间用于未来的索引增长。

如果InnoDB索引页面的填充因子低于默认值50%（或指定的值），即MERGE_THRESHOLD，InnoDB将尝试收缩索引树以释放页面。MERGE_THRESHOLD设置适用于 B 树和 R 树索引。更多信息，请见第17.8.11节，“Configuring the Merge Threshold for Index Pages”。